Din momentul constituirii, Institutul de Reforme Penale (IRP) a stabilit drept prioritară reforma sistemului de pedepse penale prin includerea în legislaţie a unor măsuri comunitare, alternative la detenţie.
Ideea a fost susţinută de Fundaţia Soros Moldova, în anul 2002, odată cu implementarea proiectului „Reforma Penitenciară în Republica Moldova”, finanțat în parteneriat cu Comitetul Helsinki din Olanda. În aceeaşi perioadă, în colaborare cu Ministerul Justiţiei, a fost format un grup de experţi naţionali, în frunte cu ministrul justiţiei, cu scopul identificării unor instituţii noi pentru justiţia penală şi elaborării proiectelor de lege pentru acestea, fiind studiată minuţios experienţa internaţională. Au fost identificate: munca comunitară, probaţiunea şi medierea în cauzele penale, fiind luate în considerare realităţile Moldovei. În acest proces s-au implicat substanţial Parlamentul, Consiliul Superior al Magistraturii, Ministerul Justiţiei, Procuratura Generală, Ministerul de Interne, Baroul de Avocaţi, cu care au fost încheiate acorduri de colaborare.

În procesul de promovare a reformelor au intervenit şi alte structuri: Ambasada Marii Britanii la Chişinău (iunie 2003) cu proiectul „Pilotarea probaţiunii în Republica Moldova”; Reforma Penală Internaţională (PRI), fiind realizat proiectul comun „Consolidarea Societăţii Civile, Sănătatea şi Drepturile Omului în instituţiile penitenciare”, cu suportul financiar al Organizaţiei Interbisericeşti pentru Cooperare în Dezvoltare (ICCO) şi Cordaid şi cu participarea Royal Netherlands Tuberculosis Foundation (KNCV) (august 2003).
În septembrie 2003, în promovarea reformelor în domeniul Justiţiei Juvenile s-a implicat activ Reprezentanţa UNICEF în Moldova, fiind implementat proiectul „Alternative la detenţie şi asistenţă juridică pentru minorii din sistemul de justiţie penală”, iar în august 2004 a fost iniţiat proiectul „Acordarea asistenţei juridice şi psihosociale pentru copii în sistemul de justiţie penală”. În luna noiembrie 2003, Fundaţia Soros Moldova, în scopul unei continuităţi a activităţilor, contribuie la implementarea proiectului „Reforma sistemului pedepselor penale şi promovarea alternativelor la detenţie”.
Începînd cu anul 2005, IRP se antrenează în procesul de elaborare și consolidare a mecanismului medierii conflictelor penale deschizînd în acest an primul Centru de Mediere din Republica Moldova, în cadrul Institutului de Reforme Penale.

La 1 iunie 2006 IRP, cu sprijinul financiar al Agenţiei Suedeze pentru Dezvoltare şi Cooperare Internaţională (SIDA) şi al Fundaţiei Soros-Moldova, a lansat un nou program: „Grupuri marginalizate. Reintegrarea socială a deţinuţilor”. Acest program avea ca obiectiv îmbunătăţirea calităţii serviciilor de asistenţă pentru reintegrare socială a persoanelor liberate din detenţie, prin crearea şi consolidarea mecanismelor de interacţiune dintre serviciile de pregătire pentru liberare din penitenciar şi cele de reintegrare socială din comunitate.

Începînd cu anul 2009, IRP îşi extinde aria de activitate şi asupra domeniului migraţiei odată cu implementarea proiectului “Cooperare tehnica şi dezvoltarea capacităţilor pentru guvernul Ucrainei şi Moldovei privind implementarea Acordului de Readmisie cu Uniunea Europeană (GUMIRA)” implementat în parteneriat cu Organizaţia Internaţională pentru Migraţie (OIM) cu sprijinul Comisiei Europene.
IRP continuă să întreprindă acțiuni de promovare și consolidare a rezultatelor de reformă în domeniile sale prioritare, lansînd concomitent noi iniţiative.